جمهوری اسلامی به طور مداوم از خطوط کشتیرانی خود برای پیشبرد برنامه های موشکی و حمل محموله های نظامی استفاده می کرده است که پس از تحریم ها بخش کشتیرانی با چالش های جدی روبه رو شده است .
اولین تحریم ها علیه کشتیرانی جمهوری اسلامی در سال 2008 و از طریق دفتر نظارت بر دارایی های خارجی وزارت خزانه
داری آمریکا به مرحله اجرا در آمد . که پس از آن شرکتهای سراسر جهان هم از کشتیرانی جمهوری اسلامی دوری جستند و این کشتیرانی به منظور پنهان کردن هویت خود و دور زدن تحریم ها دست به یک رشته اقدامات فریبکارانه زد. که از جمله این اقدامات عبارت بود از جعل اسناد حمل و بار ، تغییر نام کشتی و نام صاحب کشتی و حتی رنگ زدن کشتی ها .
جمهوری اسلامی حتی سعی داشته تا کشتی هایش را به صورت اسمی در تملک دیگر کشتی های خارجی جا بزند .
این کارهای فریبکارانه باعث شده تا نگرانی جامعه تجاری بین المللی نسبت به شرکت کشتیرانی ایران بیشتر شود و در نتیجه این شرکت مجبور شده است تا برای ارائه کار با مسائل بیمه ایی و خدماتی مختلف سر و کله بزند .
رفتار های کشتیرانی جمهوری اسلامی از دید جامعه جهانی به دور نمانده است . در ماه ژوئن ، سازمان ملل متحد سه شرکت زیرمجموعه کشتیرانی ایران را شامل تحریم های خود کرد و به طور کلی خواستار هوشیاری بیشتر کشورها نسبت به محموله های دریایی ایران شد .
جمهوری اسلامی ایران که برای حمل و نقل مواد خطرناک از واسطه های بار بری و شرکت های فرستنده کالا استفاده می کرد با هوشیاری جامعه جهانی و در صد آنها خزانه داری آمریکا این راهها نیز به روی جمهوری اسلامی بسته شد .
بخش خصوصی نیز در کل در حال محدود کردن تجارت با ایران است و خطراتی که همراهی کردن با فعالیت های غیر قانونی ایران با خود دارد را به جان نمی خرد .